В 2415 году, вирус уничтожил большую часть населения Земли, в живых остались те кто были в последнем городе Bregna, который построил Тревор Гудчайлд, город защищен огромной стеной от внешнего мира. Сопротивление группы под названием Monicans и возглавляемая Handler, назначает убийцу Эон Флакс, чтобы убить Тревора и свергнуть правительство Гудчайлда. Однако Эон Флакс раскрывает заговор Орена Гудчайлда против его брата Тревора, и она решает защищать Тревора вместо того, чтобы убить его...